Labuan Bajo, ein Fischerdorf mit weniger als 3.000 Einwohnern im Jahr 1995, empfängt heute jährlich 140.000 Besucher auf dem Weg zum Komodo-Nationalpark, einem 1.
733 Quadratkilometer großen Archipel aus vulkanischen Bergrücken und untergetauchten Caldera-Wänden, die die weltweit größte überlebende Population von Varanus komodoensis beherbergen. Der 1991 zum UNESCO-Welterbe erklärte Park erstreckt sich über 29 Inseln entlang der Sape-Straße, wo nährstoffreiche Strömungen aus dem Indischen Ozean auf wärmeres Wasser der Floressee treffen und über 1.000 Fischarten sowie 260 riffbauende Korallenarten versorgen. Die Waranpopulation, die auf 5.700 Individuen auf Komodo, Rinca, Gili Motang und Padar geschätzt wird, stammt von Waranen ab, die während der niedrigen Meeresspiegel im Pleistozän von Australien aus übergesetzt sind; Männchen erreichen drei Meter und 90 Kilogramm, Weibchen etwa die Hälfte dieses Gewichts.
Der Standard-Komodo-Bootsausflug ab Labuan Bajo erfolgt mit einer Pinisi — traditionelle zweimastige Holzschoner, die heute mit Motoren und Schnorchel-Decks ausgestattet sind. Tagesausflüge umfassen 40 Seemeilen hin und zurück nach Rinca oder Komodo und starten bei Tagesanbruch, um die Rangerstationen gegen 08:00 Uhr zu erreichen, wenn die Warane zum Sonnenbaden auf den Vulkansand kommen. Mehrtägige Routen beinhalten die dreifarbigen Strände von Padar (schwarz, weiß, rosa), die Reinigungsstationen von Manta Point, wo Riffmantas das ganze Jahr über kreisen, sowie die flachen Korallengärten von Kanawa. Der Pink Beach, benannt nach seinem Foraminiferen-gefärbten Sand, liegt an der Ostküste von Komodo; der Farbton stammt von pulverisierten roten Korallenskeletten, die mit weißem Kalziumkarbonat vermischt sind.
Der Zugang per Boot ist die einzige Möglichkeit, den Park zu besuchen; es gibt keine Brücken oder Fähren, die die Inseln mit Flores verbinden. Das 1.214 Quadratkilometer große geschützte Meeresgebiet beherbergt Walhaie, Dugongs und saisonale Blauwal-Wanderungen, während in den terrestrischen Zonen endemische Timor-Hirsche, Wildschweine und 128 Vogelarten leben. Ranger-geführte Wanderungen auf Komodo und Rinca folgen etablierten Wegen — kurze Rundgänge dauern 60 Minuten, lange Touren drei Stunden durch Savannen und Monsunwald. Die Naturschutzgebühr des Parks von 250.000 Rupien pro Person und Tag finanziert Anti-Wilderei-Patrouillen und die Wiederherstellung des Lebensraums; illegale Fischerei und Ankerschäden bleiben die größten Bedrohungen für die Riffsysteme, die jährlich 17 Millionen Dollar an Tauchtourismus-Einnahmen generieren.
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